Jutsus são as combinações de "Selamentos" (posições feitas com as mãos para liberar as técnicas e golpes nas batalhas). Para tanto, o Ninja precisa recorrer a uma energia encontrada em si mesmo, que recebe o nome de "Chakra". Existe uma infinidade de Jutsus, devido à enorme variedade de combinações de selamentos e estes são divididos em três tipos: Genjutsu, Taijutsu e Ninjutsu.
São técnicas usadas para confundir a mente dos adversários desde o uso de ilusões até fazer com que o oponente sinta cheiros, dores e etc. Um ninja controla o sistema de chakra do oponente, o colocando de um jeito irregular, afetando os cinco sentidos e com isso ele consegue fazer com que a pessoa sinta algo que não exista, de dor até visões e cheiros que não existam. É uma técnica avançada que necessita muita inteligência e um controle de chakra preciso. Para sair de um genjutsu é necessário fazer um selo, interromper seu fluxo de chakra e logo depois usar mais chakra do que aquele que está sendo usado em você e falar "Kai". Se isso não funcionar é necessário que alguém que não esteja pego no genjutsu faça isso para você.
Qualquer técnica de combate corpo-a-corpo, podendo envolver o uso de armas ou apenas do corpo. É uma técnica básica, mas se o ninja for bem treinado nessa arte ele pode nem precisar de armas, se garantindo apenas com socos e chutes.
São técnicas variadas como fazer clones, invocar monstros, soltar bolas de fogo e etc. Mas basicamente o que não se encaixa em taijutsu e em um genjutsu é ninjutsu. Com ninjutsu se faz tudo, do mais básico (criar um clone - Bunshin no Jutsu, rank E) ao mais complicado (teleportar-se por grandes distâncias à velocidades altíssimas - Hiraishin no Jutsu, rank S). Mais exemplos: Chidori, Rasengan, Kage Bunshin no Jutsu. Baseado na dificuldade de um jutsu, ele é dividido em seis ranks, de E até S (E, D, C, B, A, S, do mais fraco ao mais forte), sendo que alguns jutsus especiais, como aqueles passados na família ou pelo sangue (Kekkei Genkai), não tem classificação.
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Existem algumas técnicas especiais, chamadas de Kekkei Genkai (Linhagem Avançada). Existem dois tipos especiais. O primeiro deles é o Hijutsu (técnicas especiais, ou escondidas). Elas nascem com a fusão de dois (ou mais) dos cinco elementos de uma só vez. Um ninja pode usar vários elementos ao mesmo tempo, mas a habilidade de fundi-los é para poucos que têm um gene que permita tal façanha. Ao fundir, por exemplo, Suiton(água) e Doton(terra), o que só será possível se o ninja tiver a capacidade para fazê-lo, cria-se o elemento Mokuton(madeira); ao fundir-se Fuuton(vento) e Suiton(água), cria-se Hyouton(gelo). Existem outros elementos parecidos com esses, mas ainda desconhecidos. O segundo tipo de Kekkei Genkai são os doujutsus, habilidades através da pupila, como o Sharingan. Além desses, existem jutsus especiais. Um deles é o Kinjutsu, jutsus proibidos por várias razões, geralmente por causa da maldade que eles possam fazer ou pela gravidade que ele pode deixar ao usuário ou outra pessoa(podendo levar até mesmo a morte). Elas podem dar um poder enorme ao usuário, regeneração instantânea ou até reviver outra pessoa. Outro jutsu é o Fuuinjutsu, que são jutsus que selam, podendo selar algum bijuu em alguém, selar algo num pergaminho para depois ser invocado, selar o poder de algo. São jutsus avançados. Também existem os Juin Jutsus, uma parte do Fuuinjutsu, que põe um selo amaldiçoado em alguém, muito utilizado por Orochimaru naqueles que lhe interessam.
